Na segunda metade do século XX, a cidade do Rio Grande não tinha escolas de nível superior, o que levava os jovens a buscar outros lugares para se qualificar e não mais retornavam à cidade natal. Além disso, Rio Grande possuía um elevado número de profissionais na área de engenharia oriundos do parque industrial, liderado pela Refinaria de Petróleo Ipiranga. Diante desta realidade, em 8 de julho de 1953 foi instituída a Fundação Cidade do Rio Grande, visando dinamizar o projeto de criação da primeira instituição de ensino superior da cidade, a Escola de Engenharia Industrial do Rio Grande.
No início as atividades da Escola de Engenharia eram realizadas na Biblioteca Rio-Grandense e as aulas práticas eram feitas diretamente nas indústrias, servindo de laboratório para as atividades experimentais onde os professores, que ministravam as aulas gratuitamente, geralmente atuavam como profissionais dessas instituições. Até o ano de 1961, a Escola teve seu funcionamento autorizado, reconhecido e federalizado. A Fundação Cidade do Rio Grande adquiriu o terreno e realizou a construção do prédio próprio para esta escola, no local onde atualmente está instalado o Instituto Federal do Rio Grande do Sul, Câmpus Rio Grande.
A Escola de Engenharia foi à pioneira na cidade de Rio Grande, mas com as demandas cada vez mais emergentes e novas necessidades da cidade e região impulsionaram o surgimento de outras unidades de ensino superior, a exemplo da Faculdade de Ciências Políticas e Econômicas, Faculdade de Direito Clóvis Bevilácqua, Faculdade Católica de Filosofia do Rio Grande e da Faculdade de Medicina (ALVES, 2004).
Em 1968, através da Lei n° 5.540, de 28 de novembro, que tratava da Reforma Universitária, fixava as normas de organização e funcionamento do ensino superior e sua articulação com a escola média, exigindo que os estabelecimentos isolados e menores de ensino superior deveriam incorporar-se a instituições maiores, as universidades, regidas por uma administração superior e com regimento unificado que lhes permita adotar critérios comuns de organização e funcionamento. Nesse contexto que a Fundação Universidade do Rio Grande – FURG foi criada pelo Decreto n° 774, de 20 de agosto de 1969, pelo então Presidente da República Arthur da Costa e Silva, entidade jurídica de direito privado, sem fins lucrativos, mantenedora da Universidade do Rio Grande – URG, era uma entidade jurídica de direito privado e sem fins lucrativos. Em 21 de outubro, de 1969 foi criado, através do Decreto nº 65.462, o Estatuto da Fundação Universidade do Rio Grande, como entidade mantenedora da FURG, sendo nomeado para Reitor o Prof. Adolpho Gundlach Pradel.
Na década de 1970 as oportunidades de formação foram ampliadas com a criação dos cursos de Oceanologia, Medicina e Engenharia Civil. Neste período, a estrutura organizacional da Universidade foi modificada, passando a existir cinco centros: Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Centro de Ciências Humanas e Sociais, Centro de Letras e Artes, Centro de Ciências do Mar e Centro de Ciências Biológicas e da Saúde.
Ao longo das décadas a FURG foi marcada por diversas mudanças estruturais com o objetivo de melhorar, continuamente, a sua gestão e seus resultados sob o ponto de vista do seu crescimento institucional e qualificação na formação dos seus acadêmicos. Em 2008 a Universidade passou por uma nova reestruturação, conforme, Portaria n° 1469 de 13 de agosto de 2008, sendo criadas 13 Unidades Acadêmicas, a saber: Escola de Química e Alimentos; Instituto de Letras e Artes; Instituto de Oceanografia; Instituto de Ciências Econômicas, Administrativas e Contábeis; Instituto de Educação; Instituto de Ciências Biológicas; Instituto de Ciências Humanas e da Informação; Instituto de Matemática, Estatística e Física; Escola de Engenharia; Faculdade de Medicina; Centro de Ciências Computacionais; Escola de Enfermagem; e a Faculdade de Direito. A organização da Reitoria também foi modificada a partir da promulgação da Resolução n° 35 do Conselho Universitário, e passou a ser constituída pelas Pró-Reitorias de Graduação (PROGRAD); Pesquisa e Pós-Graduação (PROPESP); Extensão e Cultura (PROEXC); Assuntos Estudantis (PRAE); Infraestrutura (PROINFRA); Planejamento e Administração (PROPLAD); e, Gestão e Desenvolvimento de Pessoas (PROGEP).